團隊近年來執行數件跨國之研究計畫，如在2008至2009年與芬蘭Neste Oil Co.合作開發含油微藻藻種與微藻量產之光反應器技術(2008.4-2009.12)，由該公司提供研發經費約NT$2,000,000。此外，自2010-2015年開始，團隊與日本神戶大學Center for Biorefinery主任Kondo教授進行合作，並執行 『日本科學與技術振興機構』(JST) CREST補助之五年計畫（title: Isolation, characterization and optimal cultivation of indigenous carbohydrate-rich microalgae used as feedstock for bioethanol production），亦由日本JST提供計畫經費(每年約伍百萬日圓)。該計畫之目標為大量生產富含碳水化合物之微藻來當做生物精煉之料源，應用於醇類醱酵或化學品之生產。目前已由環境中篩選到三株高含糖量(45-50%)之藻株，並開發進行糖化與醱酵產醇之技術，目前相關成果已發表超過10篇跨國合作的SCI學術論文，其中一篇發表於在SCI能源領域排名第一的期刊Energy and Environment Science (IF= 25.427; top 1%)，1篇發表在Biotechnology Advance (IF=9.848; top 4%); 3篇發表在Biotechnology for Biofuels (IF=6.444; top 8%)，5篇發表於Bioresource Technology (IF=4.917; top 8%)，並另有3篇論文投稿中。與神戶大學合作的這些研究，乃專注於利用生化工程技術、分子生物學及代謝體學(metabolomics)，解析微藻在面對逆境時，產糖與產油代謝路徑的transition與shift的機制，進而得到代謝調控的樞紐，以期能有效控制微藻產糖或產油的代謝途徑，在此相關領域是個創舉，具有很高的學術價值，所發表數篇高impact factor與影響力之學術論文。