固定污染源為空氣污染物排放量的主要來源，但固定污染源家數眾多，為節省管制成本，故污染管制有必要從重大固定污染源開始著手。為有效管理大型煙囪之空氣污染物排放狀況，環保署自 82 年起開始實施連續自動監測設施（Continuous Emission Monitoring Systems, CEMS）監測管制作業，於 82 年至 92 年將原訂定「固定污染源空氣污染物連續自動監測設施管理要點」、「固定污染源空氣污染物連續自動監測設施品質保證作業規範」及「固定污染源空氣污染物連續自動監測設施連線作業規範」等 3 項法規合併，並修訂提升法律位階為「固定污染源空氣污染物連續自動監測設施管理辦法（以下簡稱 CEMS 管理辦法）」，並於 82 年至 109 年期間陸續公告第 1 批至第 5 批「公私場所應設置連續自動監測設施及與主管機關連線之固定污染源」，針對連續自動監測設施之相關軟、硬體設施、品保作業及連線作業訂定規範，以要求工廠落實煙道監測作業。
為持續提升與強化固定污染源排放管道 CEMS 監控管制量能，環保署自 CEMS 管理辦法訂定發布後，已持續檢討修正 CEMS 相關管制措施，針對涉及行政管制、監測技術與資訊系統 3 項層面規範不斷檢討、測試及評估，經歷年多方確認與完整評估相關技術後，本署採分二階段強化 CEMS 監測管理措施，先就可立即施行項目於 108 年 4 月 12 日修正發布第 1 階段 CEMS 管理辦法，並於 109 年 4 月 8 日修正發布第 2 階段 CEMS 管理辦法，以持續提升 CEMS 監測數據品質，強化相關查核與防弊管制措施，擴大監測管制項目，落實全時監測管理制度與整體管制一致性。
依據固定污染源空氣污染物連續自動監測設施管理辦法，主要係規範公私場所執行固定污染源空氣污染物連續自動監測時，其設置、操作及連線應符合相關性能規範及傳輸格式之規定，俾利掌握其空氣污染物之即時排放狀況及實際排放量。
環保署自 82 年起至 104 年間已陸續公告第 1 批至第 4 批「公私場所應設置連續自動監測設施及與主管機關連線之固定污染源」，凡達公告條件之各行業鍋爐、廢棄物焚化爐、水泥業、鋼鐵冶煉業、石化業及紙漿業者均為列管對象。109 年 1 月 13 日修正公告「公私場所應設置連續自動監測設施及與主管機關連線之固定污染源」，新增第 5 批管制對象，凡達公告條件之廢棄物焚化爐、鋼鐵冶煉業、廢氣燃燒塔及依環評承諾者均為列管對象，並規範自民國 109 年 4 月 1 日施行，公私場所依規定期限於 2 年內完成連續自動監測設施（CEMS）設置與連線作業，約可再增加納管 58 根排放管道及 106 根廢氣燃燒，硫氧化物及氮氧化物排放量掌握率將可再提高至 73% 以上。共計已連線監控全國 113 家公私場所及 327 根次排放管道（統計至 111 年 2 月止）。
公私場所符合環保署公告「公私場所應設置連續自動監測設施及與主管機關連線之固定污染源」之列管條件者，應依規定之監測項目進行連續監測，並連線至地方環保局，監測項目包括粒狀污染物不透光率、二氧化硫、總還原硫、氮氧化物、氯化氫、一氧化碳、氧氣、排放流率、各碳數非甲烷碳氫化合物及高反應性揮發性有機物質等，監測頻率為粒狀污染物不透光率為 6 分鐘 1 筆，氣狀污染物為 15 分鐘 1 筆。